Oi, Raphael, tudo bem? 
Estamos revendo os tópicos mais relevantes/visitados da nossa comunidade e, por isso, reabrimos sua pergunta. Assim, caso outros usuários tenham a mesma dúvida, é possível consultar a nossa resposta oficial!
Caso sua loja esteja em VTEX Legacy, você pode reindexar sua base de produtos para que as informações de produtos indisponíves seja enviadas novamente e indexadas. Você pode ver como realizar esse procedimento neste material do nosso Help VTEX.
Se a sua loja estiver em VTEX IO e a reindexação da base não funcionar, você pode abrir um ticket com nosso Suporte para que seja realizada uma nova indexação no seu Intelligent Search.
Espero ter esclarecido a sua questão mas, qualquer dúvida que permaneça, estamos à disposição. 
Clarissa Rodrigues | Customer Excellence