Recentemente passei por diversos problemas com ML também, quando minha integração era via VTEX.
Respondendo suas perguntas.
1º - Se você desligar a partir do Bridge, os anúncios não irão sofrer alteração alguma. Apenas irão perde a conexão com a VTEX deixando de haver Alterações/Atualização de preço/estoque ou Informações do produto.
2º - Quando você reativar a conexão com os anúncios ira retornar normalmente.
Isso é : Passaram a ter atualização/alteração a partir da VTEX novamente.
3 e 4º - Dependendo do que você pretende fazer após pausar eles, sim! Vale a pena realizar o processo pelo Painel do MercadoLivre. | Não quando reativado o ML fara uso do Mesmo código de anuncio!
O Recomendado é que todas alterações que você for fazer nos seus produtos, partam a partir do integrador (VTEX), tendo em vista que ele sempre estará enviado o XML dos seus produtos para os Marketplaces, ou seja, se você altera a descrição do produto apenas no ML, quando a VTEX realizar a Reindexação desse produto ela irá sobrepor a informação que você alterou na descrição do Produto dentro do Marketplace.