Uma possível solução de front-end seria: Criar um cluster para esse perfil de cliente e a partir disso fazer uma verificação no front-end na etapa de checkout mostrando ou não este meio de pagamento para o usuário.
Boleto é a primeira opção que vem marcada no OrderForm como pagamento selecionado, então mesmo que eu oculte ou faça algo só na tela, a pessoa pode apertar em Finalizar Compra e comprar com boleto.
Essa verificação do perfil da pessoa já feita através de um middleware que usamos.
Bem provável que eu tentaria esse caminho proposto pelo Carlos (@ecarlosvao) viu Raphael (@raphaelfelix). E, o mesmo script que vai ocultar a opção do boleto é o script que vai marcar o novo meio de pagamento selecionado como no exemplo abaixo, a opção do cartão:
Mas acho que vem novidades em breve sobre esse tema já que tem documentação pronta falando que está implementado em beta para o meio de pagamento Customer Credit que ele irá contar com a opção Condição de Pagamento Clusterizada que permitirá configurar opções de pagamentos para um determinado cluster nativamente aparentemente como está na imagem da documentação: