Num geral, a VTEX é passiva durante o processamento de pagamento de um pedido, apenas armazenando os logs do processo e atualizando o pedido baseado no que o gateway de pagamento envia para a VTEX.
Minha recomendação nesse caso seria validar os logs de transação, conforme os tópicos que listo abaixo, e talvez abrir um ticket com o suporte dos dois lados para validar o comportamento.