@Tacius de Aragon Arias você consegue fazer isso de diversas maneiras ok? Aqui vou destacar a que pra mim faz mais sentido.
Existem dois pontos de atenção:
Front end: Para o usuário final, esse tipo de produto deve ficar claro que existe um tempo de fabricação e que o cliente só deve conseguir levar ao carrinho aceitando este prazo;
Transportadora: Após na página de produto ele concordar e conseguir levar o produto no carrinho, o tempo de transportadora deve estar de acordo com esse "tempo extra";
Seguindo meu raciocínio, será necessário uma customização via script para que seja puxado a informação da quantidade de dias em que este produto leva para a fabricação via CAMPO PRODUTO.
Para estes produtos A, B e C, você deve separa-los em estoque/doca/transportadora diferentes, para que nos emails transacionais ou na hora em que o cliente consultar o frete apareça este tempo de fabricação + o tempo normal de entrega.