Oi @AssisJuliana! Infelizmente, acredito que hoje ainda não seja possível restringir a aplicação da promoção de frete grátis apenas ao frete mais barato, nessa situação com pontos de retirada.
O que dá para fazer é restringir o Tipo de frete para excluir a opção Retirar, como expliquei nessa resposta. Mas atualmente não dá para selecionar essa opção e também a opção Aplicar o desconto somente no frete mais barato.